Nhà thờ đá Phát Diệm được xây dựng bởi linh mục Phêrô Trần Lục và các giáo dân từ năm 1875 đến 1899.
Nhà thờ đá Phát Diệm là một công trình độc đáo và đặc sắc bởi kiến trúc của nó là sự kết hợp giữa kiểu kiến trúc đình chùa của Việt Nam và lối kiến trúc Gô tích Phương Tây. Lối kiến trúc độc đáo này cũng nói lên mong muốn sự hòa hợp và hội nhập giữa đạo Công giáo với nền văn hóa kiến trúc dân tộc cũng như sự hòa hợp giữa Công giáo với các tôn giáo khác ở Việt Nam.
Công trình nhà thờ hoàn toàn bằng đá và gỗ phải mất 10 năm để chuẩn bị vật tư và 24 năm cho việc xây dựng mới hoàn thành. Nhà thờ Phát Diệm đã dược công nhận là di tích lịch sử văn hoá quốc gia